ETUDES DE CAS

Le projet BNIP : étudier la répartition d’amphibiens protégés dans 1.000 mares

Contexte de l’étude

Le Belgian Nature Integrated Project (BNIP) est un projet stratégique qui prévoit, au travers d’une cinquantaine d’actions, de contribuer à atteindre les objectifs Natura 2000 et les objectifs européens de conservation de la nature. Le projet réunit de nombreux partenaires qui collaborent activement afin de renforcer la protection des espèces et des habitats les plus précieux et les plus menacés d’Europe.

Parmi les actions phares réalisées dans le cadre du projet, les techniques exploitant l’ADN environnemental ont été utilisées afin de prospecter quelques 1.000 mares au travers de toute la Wallonie. Cet important programme d’inventaire visait à améliorer les connaissances sur l’aire de répartition de deux espèces menacées : le triton crêté (Triturus cristatus) et l’alyte accoucheur (Alytes obstetricans).

Sous la supervision du Service public de Wallonie, les scientifiques de E-BIOM ont collaboré avec l’asbl Natagora afin de procéder à cet important programme d’inventaire.

Echantillonnage et analyses de laboratoire

L’équipe de E-BIOM a formé les naturalistes et stagiaires de l’association Natagora, de plusieurs Parcs Naturels (Pays des collines, Plaines de l’Escaut et Burdinale-Mehaigne) et de différents Contrats de rivière (Dendre et Escaut Lys) à la prise d’échantillons.

Plus de 30 personnes ont ainsi pris part à cette campagne d’inventaire de grande envergure : plus de 330 jours de terrain, prêt de 3.000 mares visitées et pas loin de 1.000 mares échantillonnées !

Chaque échantillonnage a consisté à prélever 40 ml d’eau en une vingtaine d’endroits répartis uniformément au sein de la mare, tout en maximisant les sous-habitats propices aux deux espèces ciblées. Une fois les prélèvements réalisés, les 800 ml d’eau collecté ont été filtrés à travers une capsule de filtration afin de concentrer l’ADN.

En parallèle, des inventaires erpétologiques ont été réalisés en identifiant, sur base de caractéristiques morphologiques, les espèces d’amphibiens présentes dans certaines mares afin de calibrer la méthode.

De retour au laboratoire, l’ADN a été extrait des capsules de filtration et ensuite amplifié par qPCR en utilisant des amorces spécifiques ciblant le triton crêté et l’alyte accoucheur. Cette méthode dite d’ADN environnemental barcoding est particulièrement adaptée pour l’étude d’espèces rares ou difficiles à observer.

Afin de garantir la qualité de nos analyses et la fiabilité de nos données, des contrôles positifs et négatifs ont été réalisés afin de valider chaque étape du processus expérimental.

Résultats et conclusion

La calibration de la méthode a permis de mettre en avant que les résultats obtenus par les analyses ADN environnemental concorde dans prêt de 90% des cas avec les observations directes.

La présence du triton crêté a été mise en avant dans plus de 150 mares et celle de l’alyte accoucheur dans plus de 200 ! Les analyses génétiques ont ainsi permis de revoir la répartition du triton crêté et de l’alyte accoucheur en Wallonie.

Les données récoltées sous forme de présence ou d’absence des espèces sont ainsi utilisées par les équipes du LIFE afin de créer ou de restaurer prêt de 500 mares, et les habitats terrestres environnants, propices au maintien et au développement de ces deux espèces.