E-BIOM est située au Parc Scientifique Créalys, lieu privilégié en Province de Namur (Belgique) pour le développement d’entreprises technologiques à haute valeur ajoutée.
Notre laboratoire de 240 m² est entièrement dédié aux analyses biologiques environnementales, permettant à E-BIOM de jouer un rôle clé dans de nombreux secteurs : agronomie, sciences de l’eau, santé humaine et animale, contrôle-qualité, recherche, etc.
Pour mener à bien nos missions, notre laboratoire est équipé d’infrastructures et d’équipements sophistiqués, conçus pour permettre des analyses précises, fiables et rigoureuses. Découvrez les 6 unités analytiques et les 6 unités techniques qui composent notre laboratoire et nous permettent de prendre en charge de nombreux types d’échantillons, tout en garantissant un ensemble de procédures optimisant la prévention de contaminations.
Sécurité
L’accès au laboratoire est strictement limité au personnel habilité et est contrôlé par des badges individuels.
Les procédures standards de travail en laboratoire de biologie moléculaire y sont appliquées. Le port du tablier et de chaussures de laboratoire est obligatoire. En fonction des manipulations, le port de gants, de lunettes ou d’un masque de protection est également exigé. Les tabliers, instruments et produits sont strictement affectés à chaque unité technique et analytique afin d’éviter le déplacement de matériel entre les zones.
L’ensemble du laboratoire dispose d’un système HVAC et de filtres HEPA.
Accès au laboratoire et stockage
Le personnel accède au laboratoire par une zone « Accueil visiteurs » (unité technique n°1) dans laquelle les effets personnels sont déposés. Il transite ensuite par un « SAS personnes » (unité technique n°2), une zone maintenue en surpression afin d’éviter la contamination du laboratoire. Le personnel s’y équipe de tous les équipements de protection individuels (tablier, chaussures, etc.) nécessaires.
L’ensemble des réactifs et consommables de laboratoire sont stockés dans des espaces dédiés : « Magasin stock » et « Magasin stock chimique » (unité technique n°3 et n°4). Ils sont acheminés vers les différentes unités analytiques via le « SAS matières » (unité technique n°5), une zone maintenue en surpression. Pour des raisons de sécurité, le « Magasin stock chimique » est maintenu en dépression.
Réception des échantillons
Toute analyse de biologie environnementale commence par la collecte et la réception des échantillons. Ceux-ci peuvent provenir de diverses matrices d’analyses : tissus végétaux ou animaux, sols, eaux (mares, étangs, rivières, mers et océans), effluents et eaux usées, eaux industrielles, prélèvements d’air, etc. Ces échantillons doivent être traités avec soin pour éviter toute contamination qui pourrait fausser les résultats des analyses.
A leur réception, les échantillons sont stockés temporairement dans des conditions optimales, variables en fonction de la matrice : température ambiante, réfrigérateur à 4°C ou dans des congélateurs à basse température (-20°C ou -80°C).
Extraction et amplification de l’ADN/ARN
Les procédures analytiques sont cruciales et impliquent la manipulation et le traitement des échantillons de manière stérile. Le processus débute par l’extraction de l’ADN ou de l’ARN présent dans l’échantillon. Cet ADN/ARN est généralement présent en très faible quantité et doit donc être amplifié par PCR pour pouvoir être analysé.
Les extractions d’ADN/ARN sont réalisées au sein de trois unités analytiques distinctes. L’ADN provenant de tissus et d’eaux usées est extrait dans le « labo pré-PCR » (unité analytique n°1). Le « labo pré-PCR ADNe » (unité analytique n°2) est dédié à l’extraction d’ADN d’échantillons environnementaux, tandis que le « labo pré-PCR épidémio » (unité analytique n°3) est spécifiquement dédié à l’extraction d’ADN/ARN de pathogènes.
L’ensemble des solutions sont réalisées au sein du « labo mix PCR & balances » (unité analytique n°4). Afin de limiter au maximum les contaminations, les unités analytiques n°2, 3 et 4 sont continuellement maintenues en surpression. L’ensemble des amplifications PCR (PCR, qPCR, RT-qPCR, ddPCR) sont réalisées dans le « labo post-PCR » (unité analytique n°5), qui est couplé au « labo électrophorèse » (unité analytique n°6).
Chaque unité analytique dispose d’équipements dédiés : frigos, congélateurs, centrifugeuses, hottes PCR individuelles équipées d’UV et de filtres HEPA, etc.
Zoom sur la PCR
Le laboratoire E-BIOM est équipé de plusieurs technologies PCR. La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique qui permet d’amplifier une séquence spécifique d’ADN, afin d’obtenir une grande quantité de celui-ci. A partir d’une seule molécule, il est possible d’en obtenir plus d’un milliard en moins de 3 heures. La qPCR (quantitative PCR), ou PCR en temps réel, permet de quantifier en temps réel l’amplification de l’ADN en mesurant un signal fluorescent. La RT-qPCR (reverse transcription quantitative PCR) convertit d’abord l’ARN en ADN avant de quantifier l’amplification en temps réel. Cette technique est utilisée pour analyser la présence de virus, comme le SARS-CoV-2. Enfin, la ddPCR (droplet digital PCR) partitionne, quant à elle, l’échantillon en milliers de gouttelettes, permettant une quantification absolue et ultra-sensible.
Séquençage et bio-informatique
Le séquençage de l’ADN est la phase où l’on détermine la composition exacte de l’ADN des organismes présents dans l’échantillon. Ce processus est fondamental dans les études de biologie environnementale, car il permet d’identifier les espèces présentes dans un milieu donné, de suivre des changements dans les populations, et même de détecter des organismes pathogènes ou envahissants.
E-BIOM utilise principalement trois technologies de séquençage : Sanger, MinION et Illumina.
Après le séquençage de l’ADN, les données brutes sont complexes et volumineuses. Il s’agit ni plus ni moins de big data. Nos bio-informaticiens interviennent alors pour analyser, trier et interpréter ces données à l’aide de logiciels spécialisés.
Décontamination et gestion des déchets
Afin de maintenir un environnement de travail sain et d’éviter la contamination croisée entre les échantillons, il est crucial de disposer d’une salle de stérilisation. La « Laverie » (unité technique n°6) est équipée d’un autoclave, un appareil permettant de stériliser les outils, récipients et autres équipements par la chaleur sous haute pression. D’autres systèmes de désinfection, comme un bain ultrasonique et des traitements UV, sont également employés pour désinfecter certains équipements ou surfaces délicates.
Un laboratoire d’analyses biologiques environnementales produit divers types de déchets, qu’ils soient chimiques ou biologiques. Une procédure stricte de tri et d’élimination sécurisée des déchets dangereux et non dangereux a donc été mise en place.
Conclusion
Les infrastructures et équipements du laboratoire E-BIOM sont variés et complexes, chacun jouant un rôle clé dans le processus d’analyse. De la réception des échantillons jusqu’à l’interprétation des données, chaque étape nécessite des équipements spécifiques et des conditions de travail strictement contrôlées pour garantir des résultats fiables et précis.
Le potentiel de nos installations nous permet d’envisager de nouveaux partenariats. N’hésitez donc pas à nous contacter !
