Contexte de l’étude
Le ragondin, Myocastor coypus, est un mammifère semi-aquatique originaire d’Amérique du Sud. L’espèce a été introduite volontairement dans de nombreuses régions du monde, principalement pour le commerce de sa fourrure, mais également pour sa capacité à garder les canaux navigables vierges de végétation.
A l’heure actuelle, le ragondin est considéré comme une espèce exotique envahissante en Asie, en Afrique orientale, en Amérique du Nord et en Europe. Dans ces régions, les populations sauvages sont le résultat de lâchers volontaires ou d’évasions à partir de fermes d’élevage.
L’établissement de populations sauvages de cette espèce invasive pose plusieurs risques majeurs pour la biodiversité locale.
D’une part, la création de galeries et de terriers dans les berges peut mener à des éboulements et des affaissements de terrain. D’autre part, sa forte consommation en végétaux aquatiques provoque une diminution des habitats et des zones de reproduction de nombreuses espèces, menant à une perte de biodiversité dans les zones envahies. Enfin, le ragondin est un vecteur de Leptospira, une bactérie responsable de la leptospirose.
Sur base du protocole ISEIA (Invasive Species Environmental Impact Assessement), le ragondin est classé en catégorie A1 pour la Belgique. L’espèce est donc présente en populations isolées sur le territoire, tout en ayant un impact fort sur le milieu. Cette espèce nécessite donc des mesures de gestion adaptées afin de limiter son extension sur le territoire.
Dans le cadre d’un travail de fin d’étude mené à l’Université de Liège et en collaboration avec le Service public de Wallonie, E-BIOM a développé un protocole de détection du ragondin sur base de prélèvement d’ADN environnemental.
Echantillonnage et analyses de laboratoire
Des prélèvements ont été réalisés dans différents types de milieux aquatiques (ancienne noue de la Sambre, étangs et rivières) par la méthode de l’ADN environnemental. Cette technique consiste à récupérer les traces d’ADN libérées par les ragondins (fèces, urine, mucus) dans leur environnement en filtrant l’eau à travers une capsule à l’aide d’une pompe péristaltique.
Des échantillonnages ont été réalisés sur des sites où la présence du ragondin a été confirmée par observation visuelle.
Au laboratoire, l’ADN contenu dans les capsules de filtration a été extrait et ensuite amplifié par PCR quantitative (qPCR) en utilisant des amorces spécifiques développées par E-BIOM pour l’espèce Myocastor coypus.
Afin de garantir la qualité de nos analyses et la fiabilité de nos données, des contrôles positifs et négatifs ont été réalisés lors de chaque étape afin de valider le processus expérimental.
Résultats et conclusion
Les résultats obtenus en laboratoire sont en concordance parfaite avec les observations effectuées sur le terrain. Nous avons obtenu des signaux positifs pour l’ensemble des sites d’étude où la présence du ragondin était avérée. A l’inverse, notre méthode a confirmé l’absence de l’espèce sur plusieurs sites. Les données sont donc concluantes : la méthode de l’ADN environnemental permet la détection rapide du ragondin.
Notre objectif est d’appliquer cette méthode afin d’étudier précisément l’aire de répartition des populations de Myocastor coypus et ainsi surveiller des zones potentiellement en phase de colonisation sans devoir recourir à l’observation directe de l’espèce. En effet, les traces de ragondin sont parfois difficiles à différencier de celles du rat-musqué (Ondatra zibethicus) ou du castor (Castor fiber).
